A análise do plano de vôo do Legacy revela que, ao passar por Brasília, o jato deveria digitar um novo código em seu transponder (aparelho que emite sinais com dados do vôo para os radares em terra e outras aeronaves). Para militares ouvidos pelo jornal O Estado de S. Paulo, essa informação reforça a tese de que o comandante do avião, Joseph Lepore, pode ter se equivocado ao reprogramar o equipamento, fazendo com que ele entrasse em modo de espera. Com o transponder desligado – ou em ‘stand by’ -, as antenas anticolisão também deixam de funcionar.

A reconstituição dos procedimentos pré-decolagem mostra que, às 17h10 do dia 29 (hora de Greenwich, 14h10 pelo horário de Brasília), o Cindacta-1 "alocou o código transponder 4574 para o Aeroporto Eduardo Gomes (em Manaus) e autorizou o vôo pela aerovia UW 2 (de mão única, cujo destino é Brasília) a 37 mil pés de altitude".

Dois minutos depois, a torre de controle de São José dos Campos, de onde o Legacy partiu, voltou a se comunicar com o piloto. Por rádio, o controlador de vôo forneceu a Lepore o código 0140, que deveria ser usado do momento da decolagem até Brasília, onde ele teria de mudar de altitude e de aerovia.

Segundo oficiais da Aeronáutica, mesmo que o novo código não tenha sido digitado, o transponder continuaria funcionando. "Esse aparelho não é como um rádio, que captada as ondas enviadas por uma antena em terra. É ele que emite os sinais para os radares. Por isso, não importa onde o avião esteja", esclarece um militar. A mudança do código, diz ele, serve principalmente para indicar a qual centro de controle a aeronave está subordinada.

Desde o início das investigações, os pilotos do Legacy têm negado o desligamento proposital do transponder. A Aeronáutica, no entanto, afirma que o equipamento deixou de funcionar 15 minutos antes da colisão com o Boeing da Gol, voltando ao normal em seguida. "É possível que o transponder estivesse em ‘stand by’ sem que o piloto tivesse percebido e que, após o choque, ele tenha se dado conta disso, já que digitou o código de emergência do aparelho", comenta um militar.