O PT irá revisar e modificar algumas ações do atual Ministério da Ciência e Tecnologia (MCT), caso seu candidato, Luiz Inácio Lula da Silva, seja eleito. Umas das mudanças que mais devem trazer impacto ao sistema será a alteração na forma de análise de concessão de verbas dos fundos setoriais e nos editais do Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq).

Os fundos setoriais são recursos que vêm da iniciativa privada para um fundo público e são aplicados em pesquisa e desenvolvimento feito por pesquisadores, em parceria com o setor privado.  Segundo o coordenador do programa de governo de Lula para a área de Ciência, Tecnologia e Inovação (C&T&I), Luiz Pinguelli Rosa, eles serão mantidos numa futura gestão Lula. 

O projeto proposto pelo PT reconhece a importância dos fundos, como forma de assegurar recursos contínuos para C&T&I, mas aponta que é preciso integrar esses fundos e essas pesquisas com os setores econômicos.

A equipe do PT apontou também a necessidade de se criar comissões mais transparentes e representativas para fazer as análises dos projetos apresentados pelos pesquisadores para obtenção de recursos dos fundos setoriais.